El juego comienza con una narración de los juegos anteriores (Metroid 1 y Metroid 2), Cuenta como Samus dejó a la Federación Galáctica una larva Metroid, (la larva del final de Metroid 2) que lo primero que vio fue a Samus y creyó que era su madre.
La estación de Ceres está bajo ataque, y aquí es donde comenzamos el juego, lo que hay que hacer es seguir por el único camino que se puede empezando por abajo, luego la derecha y siguiendo el corredor, hasta que lleguemos a una habitación sin salida.
Ahí es donde nos encontraremos con Ridley, que es el que atacó la estación y se está llevando a la larva Metroid. Pelearemos contra él, pero no podremos derrotarlo ni impedir su escape. Nos tiene que dejar entre 20 y 30 unidades de vida, y escapará, o también podemos hacerle daño hasta que se le caiga la larva, y la vuelva a atrapar, entonces huirá del lugar, y se activará la autodestrucción de la estación Ceres.
Ahora tendremos que escapar del lugar antes de que explote, no se preocupen por el vapor y las láminas del techo, ya que no quitan energía.
Ahora estamos en el planeta Zebes, donde se desarrolla el resto del juego, y lo primero conseguiremos será la Morph Ball. Debemos ir hacia la izquierda y nos encontraremos una puerta que con un simple disparo se abrirá.
Entramos por la puerta y seguiremos a la izquierda hasta encontrar un hoyo en el suelo, por donde bajaremos y hasta el fondo habrá una puerta en el suelo, donde debemos entrar.
Bajaremos hasta la parte inferior, donde encontraremos una puerta del lado derecho y entramos en ella.
Si jugaron al Metroid 1 se darán cuenta que esta es la habitación donde peleamos contra el Cerebro. Continuamos hacia la derecha, y al pasar la habitación entraremos en un elevador. Nos colocamos sobre él y Presionamos el botón para abajo.
Ahora nos encontraremos con 2 caminos, tomaremos el de la izquierda. Brincamos las plataformas y obtendremos la Morph Ball.
Una especie de ojo se encenderá, y por ello ahora los enemigos aparecerán por el lugar, para salir del lugar le disparamos al bloque que parece estar roto, luego nos hacemos Morph Ball, presionando abajo mientras estamos agachados y podremos salir.
Ahora avanzamos hasta la derecha de la habitación y entramos por la puerta. Nos encontraremos con una puerta rosa, la ignoramos por el momento. Disparamos a los bloques que se pueden destruir, para abrirnos un camino hacia abajo. Así llegaremos a otra puerta de la habitación.
Podremos ver un Chozo sosteniendo una extraña bola. Le disparamos a la bola y se abrirá mostrando una Missile Expansion (Para usar los misiles presionamos Select, luego disparamos y para de deseleccionarlos presionamos de nuevo Select, o el botón Y).
Salimos de esta habitación y subimos, ya podemos abrir la puerta rosa, disparándole cinco misiles. Seguimos hacia la derecha donde nos encontraremos otra Missile Expansion.
Regresamos al elevador y subimos, pero ahora al salir de la puerta notaremos que hay enemigos, que son Piratas Espaciales, avanzamos hacia la izquierda matando a todos los Piratas para que se desbloquee la puerta.
Luego tendremos que subir mientras matamos o evadimos a los Piratas. Cuando estemos en la siguiente habitación se verán nuevos enemigos.
Vamos a la primer puerta arriba a la derecha, que es de color rosa, la abrimos con cinco misiles y nos encontraremos con varios enemigos. Los derrotamos, o ignoramos y seguimos el camino hasta entrar en una habitación que tiene un aparato donde, si nos acercamos, nos dará el mapa. Pueden acceder al mapa en cualquier momento presionando Start durante el juego. Regresamos.
De vuelta en la habitación principal (la que tiene la puerta en el piso), vamos hacia arriba. A la izquierda habrá una Save Station, que es donde podremos guardar nuestro progreso del juego. Si quieren grabar el juego háganlo aquí. Tendremos que hacernos Morph Ball para poder llegar a la puerta
Ahora subamos hasta arriba, y a la derecha encontraremos un lugar donde podremos pasar haciéndonos Morph Ball, entramos y seguimos hasta abajo, hacia la puerta.
Iremos por el corredor, y encontraremos una puerta rosa. La abrimos con cinco misiles, y antes de entrar les recomiendo que se regresen y maten a algunas de las criaturas voladoras para recargar nuestros misiles y derrotar al siguiente jefe de una manera más sencilla.
Dentro encontraremos otro Chozo, el cual nos dará las Bombs. Luego de obtenerlas, se bloqueará la puerta.
Descripción:
Este es el primer Sub jefe del juego, y uno de los más más simples. Al derrotarlo perderá su cabeza, y continuará atacando por un breve momento.
Forma de atacar:
Dispara una especie de bombas, las cuales puedes destruir disparándoles, y te dejan vida y misiles. También se mueve hacia adelante, haciéndote daño con su cuerpo.
Para derrotarlo:
Dispárale unos 6 o 7 misiles en el pecho y el jefe morirá, también los disparos normales le hacen daño.
Recompensa:
Bombas
Ahora regresamos hasta el lugar por donde entramos en Morph Ball, solo que ahora saldremos por la derecha, utilizando las bombas para destruir los bloques que nos bloquean la salida.
Bajamos de nueva cuenta, hasta una puerta debajo de la Save Station, donde tendremos que hacernos Morph Ball y poner bombas para destruir los obstáculos.
Llegaremos a una puerta azul y del otro lado encontraremos una Expansión de Misiles.
Volvemos a la habitación principal, y subimos hasta la parte más alta. A la izquierda hay un muro que tendremos que destruir con bombas, para del otro lado encontrarnos con una puerta azul.
Seguimos el camino y encontraremos un lugar en picada, solo corremos hasta llegar al final del pasillo, donde encontraremos nuestro primer Energy Tank
Seguimos por la puerta azul, y nos encontraremos con unos piratas que solo se destruyen con misiles o bombas.
Al llegar abajo veremos que solo hay 2 caminos, vamos a ir por el de la izquierda. Pero por si se preguntan que hay a la derecha: es un pasillo que tiene 4 estatuas de los 4 jefes que necesitamos derrotar. Es la entrada al último lugar.
Ahora seguimos de nuevo por el corredor, y al cruzar la siguiente puerta azul llegaremos a un elevador. Bajamos por él para llegar a Brinstar.
